澜湄执法中心的决策机构为澜沧江-湄公河流域执法安全合作部长级会议，每两年举行一次会议或视情指派高级别代表召开年度会议，决定中心活动的大政方针、审议中心工作计划、报告和人事、预算等重要事项。 

      澜湄执法中心下设湄公河联合巡逻执法指挥部、情报融合与案件协查部、联合行动协调部、执法能力建设部、综合保障部。
      澜湄执法中心首席执行官为秘书长，任期为3年，负责中心日常运营，并向湄公河流域执法安全合作部长级会议报告工作。各成员国各自派1名代表担任中心副秘书长协助秘书长工作，任期为4年。秘书长和副秘书长由澜沧江-湄公河流域执法安全合作部长级会议任命。各成员国执法部门向中心秘书处派驻常驻或临时派驻官员开展工作，派驻部门、人数和轮换时间由各方协商确定。